Antes da construção do palacete, a Ilha Fiscal era chamada de Ilha do Ratos. Duas versões disputam a origem do antigo nome. Enquanto uma versão afirma que o nome vem veio da grande quantidade de ratos que fugiam das cobras da Ilha das Cobras, outra afirma que o nome foi dado em decorrência de pedras de cor encinzentadas que existiam na ilha, e que se vistas de longe pareciam com ratos.

Mas o que se sabe de concreto, é que, a necessidade de ter uma sede alfandegaria proxima às docas do que é hoje chamado Praça XV foi o que ocasionou a construção do palacete, cuja finalidade era abrigar a chefia deste orgão e fiscalizar os navios de carga que lá aportavam.

Dom Pedro II ficou entusiasmado com a beleza da llha, naquela época com águas limpidas e rodeada de golfinhos, e devido a todas estas particularidades, decidiu construir um edificío com características marcantes e imponentes para ser a sede da alfandega.

O projeto em estilo Neo-Gótico (gótico-provençal) ficou por conta do Engenheiro Adopho Del Vecchio, que primou por sua construção, ficando o palacete famoso pela admirável qualidade dos trabalhos de seu vitros e construção em pedra talhada.

A construção terminou em Abril de 1889 e a festa de inauguração do palacete contou com a presença do Imperador Dom Pedro II.

Em 9 de novembro de 1889, ocorreu o chamado Baile da Ilha Fiscal, tendo sido a última grande festa da monarquia antes da proclamação da República Brasileira, no dia 15 do mesmo mês, apenas 6 dias após o baile.

Em 1913 a Ilha foi tomada de assalto, quando irrompeu a assim chamada "Revolta da Armada" quando parte da Marinha rebelou-se contra o governo do Presidente Floriano Peixoto. Durante 6 meses a ilha ficou de posse dos revoltosos, e devidos à tiros de artilharia provenientes de combates o palacete foi bastante danificado.

Em 1913 o prédio passou a ser propriedade da Marinha, após uma troca de propriedades com o então Ministro da Fazenda, onde passou a funcionar o Diretoria de Hidrografia e Navegação da Marinha, até o ano de 1983. A ilha e o palacete continuaram se ser usados pela marinha até 1998, abrigando a sede do agrupamento ou frota de navios Hidroceanográficos.

Em 1930 foi construida uma via de acesso através de uma estreita faixa de aterro, ligando a Ilha Fiscal à Ilha das Cobras.

À partir de 1998 a Marinha decidiu tornar o edifício aberto ao público e preserva-lo como parte da memória naval e mostrar a contribuição da Marinha Brasileira no desenvolvimento científico, tecnológico e social do Brasil através de exposições temáticas permanentes lá disponibilizadas.
Obras de Restauração

O Palacete foi restaurado alguns anos atrás, e aberto à visitação pública. O processo de restauração iniciou-se em 1996 e foi planejado e coordenado pela Diretoria de Patrimônio Histórico e Cultural da Marinha com suporte do Arquivo Naval e supervisionamento do INEPAC (Instituto Estadual do Patrimônio Artístico e Cultural).
Baile da Ilha Fiscal

A ilha fiscal é também muito conhecida ou rememorada pelo fato do ultimo baile do Império ou da Monarquia ter sido lá realizado. Clique aqui para ler mais sobre o baile da ilha fiscal que serviu de pretexto para o fim da Monarquia no Brasil.